الَسَّلامُ عَلَیْکَ اَیُّهَا الْباقِرُ بِعِلْمِ الله، الَسَّلامُ عَلَیْکَ اَیُّها الفاحِصُ عَنْ دِینِ الله، الَسَّلامُ عَلَیْکَ یا حُجَّةَ الله عَلى خَلْقِهِ اَجْمَعِینَ، اَشْهَدُ یا مَوْلای اَنَّکَ قَدْ صَدَعْتَ بِالْحَقِّ صَدْعاً و بَقَرْتَ العِلْمَ بَقْراً، ونَثَرْتَهُ نَثْراً، الَسَّلامُ عَلَیْکَ وَ رَحْمَةُ الله وَ بَرَکاتُهُ.


امام گرامی باقرالعلوم علیه‌السلام اوّل ماه رجب، يا سوم صفر سال ۵۷ هجری قمری در مدينه جهان را به قدوم نورانی خویش منور گردانیدند.


پدر بزرگوارشان حضرت علی بن الحسين، زين العابدين عليه السلام و مادر مكرمه‌شان فاطمه معروف به «امّ عبدالله» دختر امام حسن مجتبی علیه‌السلام می‌باشند. از اين رو، آن حضرت از ناحيه پدر و مادر به بنی هاشم منسوب هستند.


شهادت امام باقر عليه‌السلام در روز دوشنبه ۷ ذيحجه سال ۱۱۴ هجری قمری در ۵۷ سالگی، به دستور هشام بن عبدالملك خليفه اموی، به وسيله سم، اتفاق افتاد و مزار شريفشان در مدينه در قبرستان بقيع می‌باشد. 
آن حضرت يكی از اطفال اسير فاجعه‌ كربلا می‌باشند كه در آن وقت سه سال و شش ماه و ده روز از سن مباركشان گذشته بود. 


امام باقر عليه‌السلام به علم و دانش و فضيلت و تقوا معروف بودند و پيوسته مرجع حل مشكلات علمی مسلمانان به شمار می‌رفتند. وجود امام محمد باقر عليه‌السلام مقدمه‌ای بود برای اقدامات فرهنگی و علمی ژرفی که جامعه اسلامی تا آن زمان از آن محروم مانده بود. زيرا مردم، ایشان را نشانه‌ و فرزند كسانی می‌شناختند كه جان خود را فدا كردند تا موج انحراف كه نزديك بود نشانه‌های اسلام را از ميان ببرد، متوقف گردانند. آنان از اين رو جان خویش را فدا کردند تا مسلمانان بدانند كه حكامی كه به نام اسلام حكومت می‌كنند، از تطبيق اسلام با واقعيت آن به اندازه‌ای دور هستند كه مفاهيم كتاب خدا و سنت رسول اكرم صلی‌الله‌عليه‌وآله در يك طرف قرار دارد و آن حاكمان منحرف در طرف ديگر.

امام باقر عليه السلام بر آن شدند تا انحراف حاكمان و دوری آنان از حقايق اسلام را به مردم بفهمانند و برای مسلمانان آشكار سازند كه چنان اموری تحقق يافته است. 


هشام بن عبدالملك خليفه نابكار اموی وقتی به امام عليه‌السلام اشاره می‌كند و می‌پرسد كه اين شخص كيست؟ به او می‌گويند او كسی است كه مردم كوفه مرید و شیفته اويند. اين شخص، امام عراق است.
در موسم حج، از عراق و خراسان و ديگر شهرها، هزاران مسلمان از ایشان فتوا می‌خواستند و از هر باب از معارف اسلام از ایشان می‌پرسيدند. اين امر اندازه نفوذ وسيع ایشان را در قلوب توده‌های مردم نشان می‌داد. هم‌چنین از سوی‌ فقيهان بزرگ كه وابسته به حوزه‌های فكری و علمی بودند، مسائل دشوار در محضر ایشان مطرح می‌شد و گفتگوهای بسيار با امام به عمل می‌آمد، از ایشان پاسخ می‌خواستند تا امام را در تنگنا قرار دهند و در مقابل مردم ایشان را به خاموشی وادارند، ولی آن‌ حضرت با پاسخ‌های قانع كننده و مستدل و محكم خویش آنان را به اعجاب وامی‌داشتند. 


حوزه علمی ایشان برای صدها دانشمند و محدثی كه تربيت كرده بودند پايگاهی مهم به شمار می‌آمد. جابر جعفی گويد: «ابو جعفر (امام باقر علیه‌السلام) هفتاد هزار حديث برای من روايت كرد. » و محمد بن مسلم گويد: «هر مسئله كه در نظرم دشوار می‌نمود از ابوجعفر عليه السلام می‌پرسيدم تا جایی كه سی‌ هزار حديث از ایشان سؤال كردم. »


امام باقر عليه‌السلام شيعيان خود را چنين وصف می‌كنند: «همانا شيعه ما، شيعه علی، با دست و دل گشاده و از سر گشاده دستی و بی‌ريایی از ما طرفداری می‌كنند و برای زنده نگاه داشتن دين، متحد و پشتيبان ما هستند. اگر خشمگين گردند، ستم نمی‌كنند و اگر خرسند باشند از اندازه نمی‌گذرند. برای آن كس كه همسايه‌ی آنان باشد بركت دارند و با هر كس كه با آنان مخالف باشد طريق مسالمت پيش می‌گيرند. و شيعه ما اطاعت خدا می‌كند. » 


امام باقر عليه‌السلام با پنج خليفه از خلفای بنی اميه معاصر بود كه عبارتند از: وليد بن عبدالملك، سليمان بن عبدالملك، عمر بن عبدالعزيز، يزيد بن عبدالملك و هشام بن عبدالملك، و همه آنان جز عمر بن عبدالعزيز در ستمگری و استبداد و خودكامگی دست كمی از نياكان خود نداشتند و پيوسته برای امام باقر عليه‌السلام مشكلات فراوانی فراهم می‌نمودند. ولی در عين حال، ایشان از طريق تعليم و تربيت، جنبشی علمی به وجود آوردند، و مقدمات تأسيس يك مركز علمی اسلامی را در دوران امامت خویش پی‌ريزی كردند كه در زمان فرزند بزرگوارشان امام جعفر صادق عليه‌السلام به نتيجه كامل رسيد.


روش كار پيشوايان ما به ويژه امام سجاد و امام باقر عليهماالسلام كه در اوضاع فشار و خفقان به سر می‌بردند شيوه مخفیانه بود، شيوه‌‌‌ای كه موجب می‌شد كسی از اقدامات ایشان مطلع نشود. همين كارهای پنهانی، گاهی كه آشكار می‌شد، خلفا را سخت عصبانی می‌نمود و در نتيجه، وسايل تبعيد و زندانی ایشان فراهم می‌شد.


بغض و کینه فرزندان امیه به خاندان وحی هرگز قابل ترسیم نبود و محدود به زمان و دوره خاصی نشد؛ کینه ای که آتش آن سال‌ها پیش از ظهور اسلام برافروخته شد و در طول سالیان متمادی زبانه کشید و پس از فروپاشی سلطنت اموی، نیز سرمشق و الگویی برای دیگر دشمنان اهل بیت عصمت و طهارت علیهم‌السلام شد.

سرانجام، امام باقر عليه‌السلام كه پيوسته مورد خشم و غضب خليفه وقت، هشام بن عبدالملك بودند، به وسيله ايادی او مسموم شدند و در سال ۱۱۴ هجری به شهادت رسيدند.


امام باقر علیه السلام پیش از شهادت به فرزندشان امام صادق علیه‌السلام فرمودند که از اموال به جای مانده خود مقداری را که مبلغ آن را هشتصد درهم نقل کرده اند برای برپایی مجلس سوگواری خود، در منی به مدت ده سال اختصاص دهند و فرمودند: 
«ای جعفر، ازمال من برای گریه کنندگان به مدت ده سال در منی مالی را وقف کن تا در موسم حج بر من ندبه کنند و رسم ماتم را هر ساله تجدید نمایند و بر مظلومیت من زاری کنند.»


چون قتل امام باقر علیه‌السلام بسیار مرموز بود، امام تلاش کردند تا با به کارگیری این شیوه، مسلمانان را از ماهیت واقعی و چهره حقیقی امویان آگاه کنند تا از خود بپرسند که دلیل برپایی هر ساله این مجالس آن هم در تجمع سالانه مسلمانان چیست. ازاین رو، این وصیت جنبه اعتراض به هشام و افشاگری درباره او و دیگر خلفای اموی را داشته و تنها حرکتی نمادین به شمار نمی‌رفته است. 
هنگامی که امام باقر علیه السلام به شهادت رسیدند، امام صادق علیه السلام آن گونه که پدر بزرگوارشان وصیت کرده بودند، ایشان را تجهیز کردند و با احترام تمام به همراه تشییع کنندگان بدن مطهر امام را به قبرستان بقیع بردند و ایشان را در کنار پدر خویش امام سجاد علیه‌السلام و عموی پدرشان امام مجتبی علیه‌السلام به خاک سپردند.


اللَّهُمَّ صَلِّ عَلَى مُحَمَّدِ بْنِ عَلِیٍّ بَاقِرِ الْعِلْمِ وَ إِمَامِ الْهُدَى وَقَائِدِ أَهْلِ التَّقْوَى وَ الْمُنْتَجَبِ مِنْ عِبَادِکَ اللَّهُمَّ وَ کَمَا جَعَلْتَهُ‏ عَلَماً لِعِبَادِکَ‏ وَ مَنَاراً لِبِلَادِکَ وَ مُسْتَوْدَعاً لِحِکْمَتِکَ وَ مُتَرْجِماً لِوَحْیِکَ وَأَمَرْتَ بِطَاعَتِهِ وَ حَذَّرْتَ عَنْ مَعْصِیَتِهِ فَصَلِّ عَلَیْهِ یَا رَبِّ أَفْضَلَ مَا صَلَّیْتَ عَلَى أَحَدٍ مِنْ ذُرِّیَّهِ أَنْبِیَائِکَ وَ أَصْفِیَائِکَ وَ رُسُلِکَ وَ أُمَنَائِکَ یَا رَبَّ الْعَالَمِینَ.